国土交通大臣は、水利使用に関し、第二十三条の許可、第二十四条 若しくは第二十六条第一項の許可（第二十三条の二の登録の対象となる流水の占用に係る水利使用に関する許可を除く。） 又は前条第一項に規定する許可（第二十三条の二の登録の対象となる流水の占用に係る水利使用に関する第二十四条の許可を除く。）に係る同項の承認の申請があつた場合において、その申請に対する処分をしようとするときは、その処分が政令で定める流水の占用に係るものである場合を除き、関係行政機関の長に協議しなければならない。
これらの規定による許可に関し第七十五条の規定による処分をしようとするとき、又は都道府県知事が第七十九条第二項第四号の同意の申請をした場合においてその申請に対する処分をしようとするときも、同様とする。