水利使用の許可を受けた者は、第三十九条の申出をした関係河川使用者に係る前条第一項の協議 又は同条第二項の裁定に係る損失を補償した後(損失の補償が損失防止施設の設置に係るものであるときは、当該施設を設置し、かつ、河川管理者の確認を得た後)でなければ、流水を貯留し、又は取水してはならない。
ただし、第三十九条の申出をした関係河川使用者の受ける損失であつて河川管理者が当該水利使用の許可に係る流水の貯留 若しくは取水の後でなければその程度を確定することができない旨の決定をし、若しくは当該水利使用の許可に係る工作物が完成しなければ当該損失防止施設を設置することができないこと その他当該損失防止施設の種類、構造等について特別の事情があることにより、損失防止施設の設置の時期について当該水利使用の許可に係る流水の貯留 若しくは取水の後でよい旨の決定をしたもの 又は当該水利使用の許可に係る流水の貯留 若しくは取水につき同意をした関係河川使用者の受ける損失については、この限りでない。