裁判所は、清算特定目的会社に次に掲げる事由があると認めるときは、第四項において準用する会社法第五百十四条の規定に基づき、申立てにより、当該清算特定目的会社に対し特別清算の開始を命ずる。
債務超過（清算特定目的会社の財産がその債務を完済するのに足りない状態をいう。第三項において同じ。）の疑いがあること。
清算特定目的会社に債務超過の疑いがあるときは、清算人は、特別清算開始の申立てをしなければならない。
会社法第五百十二条から第五百十八条の二まで（他の手続の中止命令等、特別清算開始の申立ての取下げの制限、特別清算開始の命令、他の手続の中止等、担保権の実行の手続等の中止命令、相殺の禁止、共助対象外国租税債権者の手続参加）、第二編第九章第二節第二款から第十款まで（第五百二十二条第三項、第五百三十条第二項 及び第五百三十六条を除く。）（裁判所による監督 及び調査、清算人、監督委員、調査委員、清算株式会社の行為の制限等、清算の監督上必要な処分等、債権者集会、協定、特別清算の終了）、第七編第二章第四節（特別清算に関する訴え）、同編第三章第一節（第八百六十八条第二項から第六項まで 及び第八百七十条から第八百七十四条までを除く。）（総則）、同章第三節（第八百七十九条、第八百八十二条第二項 及び第八百九十六条を除く。）（特別清算の手続に関する特則）及び第九百三十八条（第六項を除く。）（特別清算に関する裁判による登記の嘱託）の規定は、清算特定目的会社の特別清算について準用する。
この場合において、
同法第五百十六条中
「担保権の実行の手続、企業担保権の実行の手続 又は清算株式会社の財産」とあるのは
「担保権の実行の手続 又は清算特定目的会社の財産」と、
同法第五百二十二条第一項中
「総株主（株主総会において決議をすることができる事項の全部につき議決権を行使することができない株主を除く。）の議決権の百分の三（これを下回る割合を定款で定めた場合にあっては、その割合）以上の議決権を六箇月（これを下回る期間を定款で定めた場合にあっては、その期間）前から引き続き有する株主 若しくは発行済株式（自己株式を除く。）の百分の三（これを下回る割合を定款で定めた場合にあっては、その割合）以上の数の株式を六箇月（これを下回る期間を定款で定めた場合にあっては、その期間）前から引き続き有する株主」とあるのは
「総特定社員（社員総会において決議をすることができる事項の全部につき議決権を行使することができない特定社員を除く。）の議決権の百分の三（これを下回る割合を定款で定めた場合にあっては、その割合）以上の議決権を有する特定社員 若しくは総優先出資社員（社員総会において決議をすることができる事項の全部につき議決権を行使することができない優先出資社員を除く。）の議決権の百分の三（これを下回る割合を定款で定めた場合にあっては、その割合）以上の議決権を六箇月（これを下回る期間を定款で定めた場合にあっては、その期間）前から引き続き有する優先出資社員 又は特定出資（自己特定出資を除く。）の総口数の百分の三（これを下回る割合を定款で定めた場合にあっては、その割合）以上の口数の特定出資を有する特定社員 又は発行済優先出資（自己優先出資を除く。）の百分の三（これを下回る割合を定款で定めた場合にあっては、その割合）以上の口数の優先出資を六箇月（これを下回る期間を定款で定めた場合にあっては、その期間）前から引き続き有する優先出資社員」と
読み替えるものとするほか、必要な技術的読替えは、政令で定める。