法第五条第一項の規定により指定登録機関が登録事務を行う場合における第二条第一項 及び第三条 並びに著作権法施行令（昭和四十五年政令第三百三十五号）第二十条、第二十一条の二第二項ただし書、第二十三条第一項、第二十四条、第二十五条第一項 及び第二項（同令第二十六条第二項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）、第二十六条第一項、第三十四条の三第三項（同令第三十四条の四第二項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）、第三十四条の六、第三十六条第三項 並びに第四十一条から 第四十三条までの規定の適用については、
第二条第一項 及び第三条の規定中
「文化庁長官」とあるのは
「法第五条第一項に規定する指定登録機関」と、
同令第二十条中
「文化庁長官」とあるのは
「プログラムの著作物に係る登録の特例に関する法律（昭和六十一年法律第六十五号）第五条第一項に規定する指定登録機関（以下単に「指定登録機関」という。）」と、
同令第二十一条の二第二項ただし書、第二十三条第一項、第二十四条、第二十五条第一項 及び第二項、第二十六条第一項、第三十四条の三第三項、第三十四条の六、第三十六条第三項 並びに第四十一条から 第四十三条までの規定中
「文化庁長官」とあるのは
「指定登録機関」と、
同令第二十三条第一項第六号中
「登録免許税」とあるのは
「登録免許税 及びプログラムの著作物に係る登録の特例に関する法律施行令（昭和六十一年政令第二百八十七号）第五条の手数料」と
する。