公害防止事業につき事業者に負担させる費用の総額（以下「負担総額」という。）は、公害防止事業に要する費用で政令で定めるもの（以下「公害防止事業費」という。）の額のうち、費用を負担させるすべての事業者の事業活動が当該公害防止事業に係る公害についてその原因となると認められる程度に応じた額とする。
公害防止事業が第二条第二項第一号から第三号まで 又は第五号に係る公害防止事業である場合において、その公害防止の機能以外の機能、当該公害防止事業に係る公害の程度、当該公害防止事業に係る公害の原因となる物質が蓄積された期間等の事情により前項の額を負担総額とすることが妥当でないと認められるときは、同項の規定にかかわらず、同項の額からこれらの事情を勘案して妥当と認められる額を減じた額をもつて負担総額とする。
公害防止事業が第二条第二項第四号に係る公害防止事業のうち当該公害防止事業に係る施設を事業者以外の者が利用し、かつ、事業者以外の者の利用の態様との均衡を考慮して第一項の額を負担総額とすることが妥当でないものとして政令で定めるものであるときは、同項の規定にかかわらず、同項の額から政令で定めるところにより算定する額を減じた額をもつて負担総額とする。