法律の規定に基づき内閣に置かれる機関（内閣法制局、内閣府 及びデジタル庁を除く。以下この項において「内閣の直属機関」という。）、人事院、検察庁 及び会計検査院の官職（当該官職が内閣の直属機関に属するものであつて、その任命権者が内閣の委任を受けて任命権を行う者であるものを除く。）については、第六十一条の二から第六十一条の五までの規定は適用せず、第五十七条、第五十八条 及び前条第一項の規定の適用については、
第五十七条中
「採用（職員の幹部職への任命に該当するものを除く。）」とあるのは
「採用」と、
第五十八条第一項中
「転任（職員の幹部職への任命に該当するものを除く。）」とあるのは
「転任」と、
同条第二項中
「降任させる場合（職員の幹部職への任命に該当する場合を除く。）」とあるのは
「降任させる場合」と、
同条第三項中
「転任（職員の幹部職への任命に該当するものを除く。）」とあるのは
「転任」と、
前条第一項中
「、政令」とあるのは
「、当該機関の職員が適格性審査を受ける場合 その他の必要がある場合として政令で定める場合に限り、政令」と
する。
警察庁の官職については、第六十一条の二、第六十一条の三、第六十一条の四第四項 及び第六十一条の五の規定は適用せず、第五十七条、第五十八条、第六十一条の四第一項から第三項まで 及び前条第一項の規定の適用については、
第五十七条中
「採用（職員の幹部職への任命に該当するものを除く。）」とあるのは
「採用」と、
第五十八条第一項中
「転任（職員の幹部職への任命に該当するものを除く。）」とあるのは
「転任」と、
同条第二項中
「降任させる場合（職員の幹部職への任命に該当する場合を除く。）」とあるのは
「降任させる場合」と、
同条第三項中
「転任（職員の幹部職への任命に該当するものを除く。）」とあるのは
「転任」と、
第六十一条の四第一項中
「に協議した上で、当該協議に基づいて行う」とあるのは
「（任命権者が警察庁長官である場合にあつては、国家公安委員会を通じて内閣総理大臣 及び内閣官房長官）に通知するものとする。この場合において、内閣総理大臣 及び内閣官房長官は、任命権者（任命権者が警察庁長官である場合にあつては、国家公安委員会を通じて任命権者）に対し、当該幹部職に係る標準職務遂行能力を有しているか否かの観点から意見を述べることができる」と、
同条第二項中
「に協議する」とあるのは
「（任命権者が警察庁長官である場合にあつては、国家公安委員会を通じて内閣総理大臣 及び内閣官房長官）に通知する」と、
「当該協議」とあるのは
「当該通知」と、
同条第三項中
「内閣総理大臣 及び内閣官房長官に通知するとともに、遅滞なく」とあるのは
「遅滞なく」と、
「に協議し、当該協議に基づいて必要な措置を講じなければならない」とあるのは
「（任命権者が警察庁長官である場合にあつては、国家公安委員会を通じて内閣総理大臣 及び内閣官房長官）に通知しなければならない。この場合において、内閣総理大臣 及び内閣官房長官は、任命権者（任命権者が警察庁長官である場合にあつては、国家公安委員会を通じて任命権者）に対し、当該幹部職に係る標準職務遂行能力を有しているか否かの観点から意見を述べることができるものとする」と、
前条第一項中
「、政令」とあるのは
「、当該機関の職員が適格性審査を受ける場合 その他の必要がある場合として政令で定める場合に限り、政令」と
する。
内閣法制局、宮内庁、外局として置かれる委員会（政令で定めるものを除く。）及び国家行政組織法第七条第五項に規定する実施庁の幹部職（これらの機関の長を除く。）については、第六十一条の四第四項の規定は適用せず、同条第一項 及び第三項の規定の適用については、
同条第一項中
「内閣総理大臣」とあるのは
「任命権者の属する機関に係る事項についての内閣法（昭和二十二年法律第五号）にいう主任の大臣（第三項において単に「主任の大臣」という。）を通じて内閣総理大臣」と、
同条第三項中
「内閣総理大臣」とあるのは
「主任の大臣を通じて内閣総理大臣」と
する。