国税局長、税務署長 又は税関長は、還付金等がある場合において、その還付を受けるべき者につき納付すべきこととなつている国税（その納める義務が信託財産責任負担債務である国税に係る還付金等である場合には その納める義務が当該信託財産責任負担債務である国税に限るものとし、その納める義務が信託財産責任負担債務である国税に係る還付金等でない場合には その納める義務が信託財産限定責任負担債務である国税以外の国税に限る。）があるときは、前条第一項の規定による還付に代えて、還付金等をその国税に充当しなければならない。
この場合において、その国税のうちに延滞税 又は利子税があるときは、その還付金等は、まず延滞税 又は利子税の計算の基礎となる国税に充当しなければならない。