所管大臣は、その所管する標準化対象事務に係る法令 又は事務に係る地方公共団体情報システムに必要とされる機能等（前条第二項第三号イから ニまでに掲げる事項を除く。）について、主務省令（所管大臣の発する命令をいう。）で、 地方公共団体情報システムの標準化のため必要な基準を定めなければならない。
所管大臣は、標準化対象事務に関する制度の見直し 及び情報通信技術の進展 その他の情報システムを取り巻く環境の変化を勘案し、前項の基準に検討を加え、必要があると認めるときは、これを変更しなければならない。
所管大臣は、第一項の基準を定め、又は変更しようとするときは、あらかじめ、内閣総理大臣 及び総務大臣に協議するとともに、地方公共団体 その他の関係者の意見を反映させるために必要な措置を講じなければならない。