都道府県知事は、新型インフルエンザ等感染症等に係る発生等の公表が行われたときから新型インフルエンザ等感染症等と認められなくなった旨の公表等が行われるまでの間（以下この項、次条第一項 及び第三十六条の六第一項において「新型インフルエンザ等感染症等発生等公表期間」という。）に新型インフルエンザ等感染症、指定感染症 又は新感染症に係る医療を提供する体制の確保に必要な措置を迅速かつ適確に講ずるため、厚生労働省令で定めるところにより、当該都道府県知事が管轄する区域内にある医療法第七条の二第一項各号に掲げる者が開設する医療機関、独立行政法人国立病院機構、独立行政法人労働者健康安全機構 及び国 その他の法人が開設する医療機関であって厚生労働省令で定めるもの（以下「公的医療機関等」という。）並びに地域医療支援病院（同法第四条第一項の地域医療支援病院をいう。以下同じ。）及び特定機能病院（同法第四条の二第一項の特定機能病院をいう。以下同じ。）の管理者に対し、次に掲げる措置のうち新型インフルエンザ等感染症等発生等公表期間において当該医療機関が講ずべきもの（第一号から第五号までに掲げる措置にあっては、新型インフルエンザ等感染症、指定感染症 又は新感染症に係る医療を提供する体制の確保に必要な措置を迅速かつ適確に講ずるものとして、厚生労働省令で定めるものに限る。）及び当該措置に要する費用の負担の方法 その他の厚生労働省令で定める事項について、通知するものとする。
第四十四条の三の二第一項（第四十四条の九第一項の規定に基づく政令によって準用される場合を含む。）又は第五十条の三第一項の厚生労働省令で定める医療を提供すること 及び第四十四条の三第二項（第四十四条の九第一項の規定に基づく政令によって準用される場合を含む。）又は第五十条の二第二項の規定により新型インフルエンザ等感染症 若しくは指定感染症の患者 又は新感染症の所見がある者の体温 その他の健康状態の報告を求めること。
前三号に掲げる措置を講ずる医療機関に代わって新型インフルエンザ等感染症 若しくは指定感染症の患者 又は新感染症の所見がある者以外の患者に対し、医療を提供すること。
第四十四条の四の二第一項に規定する新型インフルエンザ等感染症医療担当従事者、同項に規定する新型インフルエンザ等感染症予防等業務関係者、第四十四条の八において読み替えて準用する同項に規定する指定感染症医療担当従事者、同条において読み替えて準用する同項に規定する指定感染症予防等業務関係者、第五十一条の二第一項に規定する新感染症医療担当従事者 又は同項に規定する新感染症予防等業務関係者を確保し、医療機関 その他の機関に派遣すること。