都道府県知事は、新感染症のまん延を防止するため必要があると認めるときは、新感染症の所見がある者（新感染症（病状の程度を勘案して厚生労働省令で定めるものに限る。）の所見がある者にあっては、当該新感染症の病状 又は当該新感染症にかかった場合の病状の程度が重篤化するおそれを勘案して厚生労働省令で定める者 及び当該者以外の者であって第五十条の二第二項の規定による協力の求めに応じないものに限る。）に対し十日以内の期間を定めて特定感染症指定医療機関 若しくは第一種協定指定医療機関に入院し、又はその保護者に対し当該新感染症の所見がある者をこれらの医療機関に入院させるべきことを勧告することができる。
ただし、緊急 その他やむを得ない理由があるときは、特定感染症指定医療機関 及び第一種協定指定医療機関以外の病院 又は診療所であって当該都道府県知事が適当と認めるものに入院し、又は当該新感染症の所見がある者を入院させるべきことを勧告することができる。
都道府県知事は、前項の規定による勧告を受けた者が当該勧告に従わないときは、十日以内の期間を定めて、当該勧告に係る新感染症の所見がある者を特定感染症指定医療機関 又は第一種協定指定医療機関（同項ただし書の規定による勧告に従わないときは、特定感染症指定医療機関 及び第一種協定指定医療機関以外の病院 又は診療所であって当該都道府県知事が適当と認めるもの）に入院させることができる。
都道府県知事は、緊急 その他やむを得ない理由があるときは、前二項の規定により入院している新感染症の所見がある者を、前二項の規定により入院したときから起算して十日以内の期間を定めて、当該新感染症の所見がある者が入院している病院 又は診療所以外の病院 又は診療所であって当該都道府県知事が適当と認めるものに入院させることができる。
都道府県知事は、前三項の規定に係る入院の期間の経過後、当該入院に係る新感染症の所見がある者について入院を継続する必要があると認めるときは、十日以内の期間を定めて入院の期間を延長することができる。
当該延長に係る入院の期間の経過後、これを更に延長しようとするときも、同様とする。
都道府県知事は、第一項の規定による勧告をしようとする場合には、当該新感染症の所見がある者 又はその保護者に、適切な説明を行い、その理解を得るよう努めるとともに、都道府県知事が指定する職員に対して意見を述べる機会を与えなければならない。
この場合においては、当該新感染症の所見がある者 又はその保護者に対し、あらかじめ、意見を述べるべき日時、場所 及びその勧告の原因となる事実を通知しなければならない。
前項の規定による通知を受けた当該新感染症の所見がある者 又はその保護者は、代理人を出頭させ、かつ、自己に有利な証拠を提出することができる。
第五項の規定による意見を聴取した者は、聴取書を作成し、これを都道府県知事に提出しなければならない。