法第三十六条の十六に規定する厚生労働省令で定めるところにより算定した額は、流行初期医療確保措置が実施された年度ごとにおける法第三十六条の二十五第一項各号（第三号 及び第四号を除く。）に掲げる業務に関する事務の処理に要する費用の見込額に、事務費拠出対象保険者等（流行初期医療確保拠出金を拠出した保険者等をいう。以下この条において同じ。）ごとに第一号に掲げる数を第二号に掲げる数で除して得た率（その率に小数点以下五位未満の端数があるときは、これを四捨五入する。）を乗じて得た額（その額に一円未満の端数があるときは、これを切り捨てるものとする。）とする。
当該年度における次に掲げる事務費拠出対象保険者等の区分に応じ算定した当該保険者等に係る加入者の見込数（次号において「加入者見込数」という。）
事務費拠出対象保険者等（ロに掲げる保険者等を除く。）（１）に掲げる数に（２）に掲げる率を乗じて得た数（その数に小数点以下の端数があるときは、これを四捨五入する。）
当該年度の前々年度における当該保険者等に係る加入者の数（その数が当該保険者等に係る特別の事情により著しく過大 又は過小であると認められるときは、当該保険者等の申請に基づき、あらかじめ支払基金が厚生労働大臣の承認を受けて算定する数とする。）
当該年度の前々年度の四月二日以降に新たに設立された保険者等 及び同年度の四月二日から当該年度の四月一日までの間に合併 又は分割により成立した保険者等（以下この項において「新設保険者等」という。）以外の全ての保険者等に係る当該年度における加入者の見込数の総数をそれらの保険者等に係る（１）に掲げる数の合計数で除して得た率を基準として流行初期医療確保措置が実施された年度ごとに保険者等ごとに厚生労働大臣が定める率
事務費拠出対象保険者等（新設保険者等に限る。）当該年度における当該保険者等に係る加入者の数 その他の事情を勘案して、あらかじめ支払基金が厚生労働大臣の承認を受けて算定した新設保険者等に係る加入者の見込数