国土交通大臣は、第一条に規定する地域について広域的な用水対策を緊急に実施する必要があると認めるときは、厚生労働大臣、農林水産大臣、経済産業大臣 その他関係行政機関の長に協議し、かつ、関係都道府県知事 及び国土審議会の意見を聴いて、当該地域に対する用水の供給を確保するため水資源の総合的な開発 及び利用の合理化を促進する必要がある河川の水系を水資源開発水系として指定する。
厚生労働大臣、農林水産大臣 又は経済産業大臣は、それぞれの所掌事務に関し前項に規定する必要があると認めるときは、国土交通大臣に対し、水資源開発水系の指定を求めることができる。
国土交通大臣が水資源開発水系の指定をするには、閣議の決定を経なければならない。
国土交通大臣は、水資源開発水系の指定をしたときは、これを公示しなければならない。