国土交通大臣は、水資源開発水系の指定をしたときは、厚生労働大臣、農林水産大臣、経済産業大臣 その他関係行政機関の長に協議し、かつ、関係都道府県知事 及び国土審議会の意見を聴いて、当該水資源開発水系における水資源の総合的な開発 及び利用の合理化の基本となるべき水資源開発基本計画（以下「基本計画」という。）を決定しなければならない。
国土交通大臣が基本計画の決定をするには、閣議の決定を経なければならない。
基本計画には、治山治水、電源開発 及び当該水資源開発水系に係る後進地域の開発について十分の考慮が払われていなければならない。
国土交通大臣は、基本計画を決定したときは、これを公示しなければならない。
前四項の規定は、基本計画を変更しようとするときに準用する。
厚生労働大臣、農林水産大臣 又は経済産業大臣は、それぞれの所掌事務に関し必要があると認めるときは、国土交通大臣に対し、基本計画の変更を求めることができる。