法第五十八条第一項の特例認定を受けようとする特定非営利活動法人が合併後存続した特定非営利活動法人で同条第二項において準用する法第四十四条第二項の申請書を提出しようとする事業年度の初日においてその合併の日以後一年を超える期間が経過していないものである場合における法第五十八条の規定の適用については、
同条第二項中
「五年」とあるのは
「以前五年」と、
「二年）」とあるのは
「二年）内に終了した」と、
「「二年」とあるのは
「「（当該末日の翌々日以後に合併をした場合にあっては、その合併の日の前日。以下 この項において同じ。）以前二年内に終了した当該特定非営利活動法人 又は合併によって消滅した各特定非営利活動法人の」と
する。
前項に規定する場合において、法第五十九条第一号の規定による当該特定非営利活動法人の合併前の期間につき法第四十五条第一項第二号、第四号ハ 及びニ 並びに第九号（同項第五号ロに係る部分を除く。）に掲げる基準に適合するか否かの判定は、次の各号に掲げる基準に応じ、当該各号に定めるところにより行うものとする。
法第四十五条第一項第二号 並びに第四号ハ 及びニに掲げる基準
当該特定非営利活動法人 及び合併によって消滅した各特定非営利活動法人を一の法人とみなして判定すること。
法第四十五条第一項第九号（同項第五号ロに係る部分を除く。）に掲げる基準
当該特定非営利活動法人 及び合併によって消滅した各特定非営利活動法人のそれぞれについて判定すること。
第一項に規定する場合において、法第五十九条第一号の規定により法第四十五条第一項第八号に掲げる基準に適合するか否かを判定する場合においては、
同号中
「その設立の日」とあるのは、
「当該申請に係る特定非営利活動法人 又は合併によって消滅した各特定非営利活動法人の設立の日のうち最も早い日」と
読み替えるものとする。
前三項の規定は、法第五十八条第一項の特例認定を受けようとする特定非営利活動法人が合併によって設立した特定非営利活動法人で同条第二項において準用する法第四十四条第二項の申請書を提出しようとする事業年度の初日においてその設立の日以後一年を超える期間が経過していないものである場合における法第五十八条 及び第五十九条の規定の適用について準用する。
この場合において、
第一項中
「当該末日の翌々日以後に合併をした場合にあっては、その合併」とあるのは
「第五十八条第二項において準用する前項の申請書を提出しようとする日の前日において、設立後最初の事業年度が終了していない場合にあっては、その設立」と、
同項中
「当該特定非営利活動法人 又は合併」とあり、
第二項各号中
「当該特定非営利活動法人 及び合併」とあり、
及び前項中
「当該申請に係る特定非営利活動法人 又は合併」とあるのは
「合併」と、
第二項中
「合併前」とあるのは
「設立前」と、
それぞれ読み替えるものとする。