法第四十四条第一項の認定を受けようとする特定非営利活動法人が合併後存続した特定非営利活動法人で同条第二項の申請書を提出しようとする事業年度の初日においてその合併の日以後 一年を超える期間が経過していないものである場合における同条 及び法第四十五条の規定の適用については、
法第四十四条第三項中
「の末日」とあるのは
「の末日（当該末日の翌々日以後に合併をした場合にあっては、その合併の日の前日。以下この項において同じ。）」と、
「各事業年度」とあるのは
「当該特定非営利活動法人 又は合併によって消滅した各特定非営利活動法人の各事業年度」と、
法第四十五条第一項第八号中
「その設立の日」とあるのは
「当該申請に係る特定非営利活動法人 又は合併によって消滅した各特定非営利活動法人の設立の日のうち最も早い日」と
する。
前項に規定する場合において、当該特定非営利活動法人の合併前の期間につき法第四十五条第一項第一号、第二号、第四号ハ 及びニ並びに第九号に掲げる基準に適合するか否かの判定は、次の各号に掲げる基準に応じ、当該各号に定めるところにより行うものとする。
法第四十五条第一項第一号、第二号 並びに第四号ハ 及びニに掲げる基準当該特定非営利活動法人 及び合併によって消滅した各特定非営利活動法人を一の法人とみなして判定すること。
法第四十五条第一項第九号（同項第五号ロに係る部分を除く。）に掲げる基準当該特定非営利活動法人 及び合併によって消滅した各特定非営利活動法人のそれぞれについて判定すること。
法第四十五条第一項第九号（同項第五号ロに係る部分に限る。）に掲げる基準当該特定非営利活動法人 及び合併によって消滅した各特定非営利活動法人（いずれも実績判定期間中に法第四十四条第一項の認定 又は法第五十八条第一項の特例認定を受けていた期間が含まれるものに限る。）のそれぞれについて判定すること。
前二項の規定は、法第四十四条第一項の認定を受けようとする特定非営利活動法人が合併によって設立した特定非営利活動法人で同条第二項の申請書を提出しようとする事業年度の初日においてその設立の日以後一年を超える期間が経過していないものである場合における同条 及び法第四十五条の規定の適用について準用する。
この場合において、
第一項中
「当該末日の翌々日以後に合併をした場合にあっては、その合併」とあるのは
「前項の申請書を提出しようとする日の前日において、設立後最初の事業年度が終了していない場合にあっては、その設立」と、
同項中
「当該特定非営利活動法人 又は合併」及び「当該申請に係る特定非営利活動法人 又は合併」とあり、
並びに前項各号中
「当該特定非営利活動法人 及び合併」とあるのは
「合併」と、
同項中
「合併前」とあるのは
「設立前」と、
それぞれ読み替えるものとする。