自然再生は、健全で恵み豊かな自然が将来の世代にわたって維持されるとともに、生物の多様性の確保を通じて自然と共生する社会の実現を図り、あわせて地球環境の保全に寄与することを旨として適切に行われなければならない。
自然再生は、関係行政機関、関係地方公共団体、地域住民、特定非営利活動法人、自然環境に関し専門的知識を有する者等の地域の多様な主体が連携するとともに、透明性を確保しつつ、自主的かつ積極的に取り組んで実施されなければならない。
自然再生は、地域における自然環境の特性、自然の復元力 及び生態系の微妙な均衡を踏まえて、かつ、科学的知見に基づいて実施されなければならない。
自然再生事業は、自然再生事業の着手後においても自然再生の状況を監視し、その監視の結果に科学的な評価を加え、これを当該自然再生事業に反映させる方法により実施されなければならない。
自然再生事業の実施に当たっては、自然環境の保全に関する学習（以下「自然環境学習」という。）の重要性にかんがみ、自然環境学習の場として活用が図られるよう配慮されなければならない。