市町村長は、その区域内に存する特定農業用ため池について、現に管理上必要な措置が講じられておらず、かつ、引き続き管理上必要な措置が講じられないことが確実であると見込まれる場合であって、相当な努力が払われたと認められるものとして政令で定める方法により探索を行ってもなお当該特定農業用ため池の所有者（数人の共有に属する特定農業用ため池にあっては、当該特定農業用ため池について二分の一を超える持分を有する者。次条第一項第三号において同じ。）を確知することができないときは、農林水産省令で定めるところにより、都道府県知事に対し、当該特定農業用ため池の施設管理権（当該特定農業用ため池の所有者のために当該特定農業用ため池の操作、維持、修繕 その他の管理を行う権利をいう。以下同じ。）の設定に関し裁定を申請することができる。
特定農業用ため池の所有者、特定農業用ため池から農業用水の供給を受ける者 その他の利害関係人は、当該特定農業用ため池について、前項の規定による申請をすべき旨をその所在地を管轄する市町村長に申し出ることができる。