内閣総理大臣は、前条第一項の規定による勧告 又は同条第二項の規定による命令（以下 この項 及び次条第一項において「勧告等」という。）を受けた者が当該勧告等に係る措置をとったことによりその者が損失を受け、又は他人に損失を与えた場合においては、その損失を受けた者に対して、通常生ずべき損失を補償する。
ただし、当該勧告等に係る行為をするについて、他の法律（法律に基づく命令 及び条例を含む。）で行政庁の許可 その他の処分を受けるべきことを定めているもの（当該許可 その他の処分を受けることができないために損失を受けた者に対して、その損失を補償すべきことを定めているものを除く。）がある場合において、当該許可 その他の処分の申請が却下されたとき、又は却下されるべき場合に該当するときにおける当該勧告等に係る措置については、この限りでない。