法第四十八条第一項の規定は、次に掲げる場合には、適用しない。
ただし、別表第一の一の項の中欄に掲げる貨物については、この限りでない。
仮に陸揚げした貨物のうち、本邦以外の地域を仕向地とする船荷証券（航空貨物運送証 その他船荷証券に準ずるものを含む。）により運送されたもの（第三号 及び第四号において「外国向け仮陸揚げ貨物」という。）を輸出しようとするとき（別表第三に掲げる地域以外の地域を仕向地として輸出しようとする場合にあつては、次に掲げるいずれの場合にも該当しないときに限る。）。
その貨物が核兵器、軍用の化学製剤 若しくは細菌製剤 若しくはこれらの散布のための装置 又はこれらを運搬することができるロケット 若しくは無人航空機であつてその射程 若しくは航続距離が三百キロメートル以上のもの（ロ、第三号 及び第十四条において「核兵器等」という。）の開発、製造、使用 又は貯蔵（ロ 及び同号において「開発等」という。）のために用いられるおそれがある場合として経済産業省令で定めるとき。
その貨物が核兵器等の開発等のために用いられるおそれがあるものとして経済産業大臣から許可の申請をすべき旨の通知を受けたとき。
航空機の部分品 並びに航空機の発着 又は航行を安全にするために使用される機上装備用の機械 及び器具 並びにこれらの部分品のうち、修理を要するものであつて無償で輸出するもの
国際機関が送付する貨物であつて、我が国が締結した条約 その他の国際約束により輸出に対する制限を免除されているもの
別表第一の一六の項に掲げる貨物（外国向け仮陸揚げ貨物を除く。）を同項の下欄に掲げる地域を仕向地として輸出しようとする場合であつて、次に掲げるいずれの場合にも（別表第三の二に掲げる地域以外の地域を仕向地として輸出しようとする場合にあつては、イ、ロ 及びニのいずれの場合にも）該当しないとき。
その貨物が別表第一の一の項の中欄に掲げる貨物（核兵器等に該当するものを除く。ニにおいて同じ。）の開発、製造 又は使用のために用いられるおそれがある場合として経済産業省令で定めるとき。
その貨物が別表第一の一の項の中欄に掲げる貨物の開発、製造 又は使用のために用いられるおそれがあるものとして経済産業大臣から許可の申請をすべき旨の通知を受けたとき。
別表第一の五から一三まで又は一五の項の中欄に掲げる貨物であつて、総価額が百万円（別表第三の三に掲げる貨物にあつては、五万円）以下のもの（外国向け仮陸揚げ貨物を除く。）を別表第四に掲げる地域以外の地域を仕向地として輸出しようとするとき（別表第三に掲げる地域以外の地域を仕向地として輸出しようとする場合にあつては、前号のイ、ロ 及びニのいずれの場合にも（別表第三の二に掲げる地域（イラク 及び北朝鮮を除く。）を仕向地として輸出しようとする場合にあつては、同号のイからニまでのいずれの場合にも）該当しないときに限る。）。