内閣総理大臣は、第四十四条の規定により登録を申請した者（以下この項において「登録申請者」という。）が次に掲げる要件の全てに適合しているときは、その登録をしなければならない。
この場合において、登録に関して必要な手続は、内閣府令で定める。
別表の上欄に掲げる機械器具 その他の設備を有し、かつ、許可試験は同表の中欄に掲げる条件に適合する知識経験を有する者が実施し、その人数が同表の下欄に掲げる数以上であること。
次に掲げる許可試験の信頼性の確保のための措置がとられていること。
試験を行う部門に許可試験の種類ごとにそれぞれ専任の管理者を置くこと。
許可試験の業務の管理 及び精度の確保に関する文書が作成されていること。
ロに掲げる文書に記載されたところに従い許可試験の業務の管理 及び精度の確保を行う専任の部門を置くこと。
登録申請者が、第四十三条第一項 若しくは第六十三条第一項の規定により許可 若しくは承認を受けなければならないこととされる食品を製造し、輸入し、又は販売する食品衛生法（昭和二十二年法律第二百三十三号）第四条第八項に規定する営業者（以下この号 及び第五十二条第二項において「特別用途食品営業者」という。）に支配されているものとして次のいずれかに該当するものでないこと。
登録申請者が株式会社である場合にあっては、特別用途食品営業者がその親法人（会社法（平成十七年法律第八十六号）第八百七十九条第一項に規定する親法人をいう。）であること。
登録申請者の役員（持分会社（会社法第五百七十五条第一項に規定する持分会社をいう。）にあっては、業務を執行する社員）に占める特別用途食品営業者の役員 又は職員（過去二年間に当該特別用途食品営業者の役員 又は職員であった者を含む。）の割合が二分の一を超えていること。
登録申請者の代表権を有する役員が、特別用途食品営業者の役員 又は職員（過去二年間に当該特別用途食品営業者の役員 又は職員であった者を含む。）であること。