国土交通大臣は、第五条第一項の調査の結果に基づき、政令で定めるところにより、基本計画で定められた建設線の建設に関する整備計画（以下「整備計画」という。）を決定しなければならない。
国土交通大臣は、前項の規定により整備計画を決定しようとするときは、あらかじめ、営業主体 及び建設主体（機構を除く。）に協議し、それぞれの同意を得なければならない。
整備計画を変更しようとするときも、同様とする。
国土交通大臣は、営業主体 又は建設主体から整備計画の変更の申出があつた場合において、その申出が適当と認めるときは、当該整備計画を変更するための手続をとるものとする。