地方公共団体が前条第一項（同条第二項において準用する場合を含む。）の同意を得た公害防止対策事業計画（以下「同意公害防止対策事業計画」という。）に基づいて実施する公害防止対策事業に係る経費については、他の法令の規定にかかわらず、国は、別表上欄に掲げる公害防止対策事業の区分に応じ、それぞれ同表下欄に定める国の負担 又は補助の割合（以下「国の負担割合」という。）により、その一部を負担し 又は補助するものとする。
国が同意公害防止対策事業計画において定められた公害防止対策事業を地方公共団体に負担金を課して行う場合における当該公害防止対策事業に係る経費に対する国の負担割合についても、同様とする。
前項の場合において、公害防止対策事業に係る経費につき適用される他の法令の規定による国の負担割合が別表に定める国の負担割合をこえるときは、当該公害防止対策事業に係る経費に対する国の負担割合については、同項の規定にかかわらず、当該他の法令の定めるところによる。
国は、地方公共団体が同意公害防止対策事業計画に基づいて実施する公害防止対策事業に係る経費に充てるため政令で定める交付金を交付する場合においては、政令で定めるところにより、当該経費について第一項の規定を適用したとするならば国が負担し、又は補助することとなる割合を参酌して、当該交付金の額を算定するものとする。
第一項の規定は、同意公害防止対策事業計画が定められていない地域において実施される公害防止対策事業で第二条第三項第二号から第四号までに掲げるもの（政令で定める事業を除く。）のうち、総務大臣が主務大臣 及び環境大臣と協議して指定するものに係る経費に対する国の負担 又は補助についても、適用する。