特定非営利活動法人は、法人税法 その他法人税に関する法令の規定の適用については、同法第二条第六号に規定する公益法人等とみなす。
この場合において、
同法第三十七条の規定を適用する場合には同条第四項中
「公益法人等（」とあるのは
「公益法人等（特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第二項に規定する法人（以下「特定非営利活動法人」という。）並びに」と、
同法第六十六条の規定を適用する場合には同条第一項中
「普通法人」とあるのは
「普通法人（特定非営利活動法人を含む。）」と、
同条第二項中
「除く」とあるのは
「除くものとし、特定非営利活動法人を含む」と、
同条第三項中
「公益法人等（」とあるのは
「公益法人等（特定非営利活動法人 及び」と、
租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十八条の六の規定を適用する場合には同条中
「みなされているもの」とあるのは
「みなされているもの（特定非営利活動促進法第二条第二項に規定する法人については、小規模な法人として政令で定めるものに限る。）」と
する。