各省各庁の長は、法第二十六条第一項の規定により、補助金等の交付の申請の受理、交付の決定 及び その取消し、補助事業等の実績報告の受理、補助金等の額の確定、補助金等の返還に関する処分 その他補助事業等の監督に関する事務の一部を当該各省各庁の機関(日本中央競馬会、国立研究開発法人情報通信研究機構、独立行政法人エネルギー・金属鉱物資源機構、独立行政法人農畜産業振興機構、独立行政法人国際協力機構、独立行政法人国際交流基金、国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構、独立行政法人中小企業基盤整備機構、独立行政法人日本学術振興会、独立行政法人日本スポーツ振興センター、独立行政法人日本芸術文化振興会、独立行政法人福祉医療機構、独立行政法人環境再生保全機構、独立行政法人日本学生支援機構、国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所 又は国立研究開発法人日本医療研究開発機構の理事長の事務については日本中央競馬会、国立研究開発法人情報通信研究機構、独立行政法人エネルギー・金属鉱物資源機構、独立行政法人農畜産業振興機構、独立行政法人国際協力機構、独立行政法人国際交流基金、国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構、独立行政法人中小企業基盤整備機構、独立行政法人日本学術振興会、独立行政法人日本スポーツ振興センター、独立行政法人日本芸術文化振興会、独立行政法人福祉医療機構、独立行政法人環境再生保全機構、独立行政法人日本学生支援機構、国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所 又は国立研究開発法人日本医療研究開発機構の機関、独立行政法人大学改革支援・学位授与機構の機構長の事務については独立行政法人大学改革支援・学位授与機構の機関)に委任することができる。
ただし、各省各庁の地方支分部局に委任しようとする場合においては、当該補助金等の名称を明らかにして、委任しようとする事務の内容 及び機関について、財務大臣に協議しなければならない。