個人番号カード用利用者証明用電子証明書の発行を受けた利用者証明利用者は、住所地市町村長(国外転出者である利用者証明利用者にあっては、附票管理市町村長 又は領事官 及び附票管理市町村長)を経由して、機構に対し、当該個人番号カード用利用者証明用電子証明書の失効を求める旨の申請をすることができる。
この場合において、当該申請は、当該利用者証明利用者の利便 及び当該申請が速やかに行われることに資するものとして総務省令で定める事情がある場合には、住所地市町村長以外の市町村長 及び住所地市町村長(国外転出者である利用者証明利用者にあっては、附票管理市町村長以外の市町村長 及び附票管理市町村長)を経由してすることができる。