海上保安庁長官は、領海等において現に停留等を伴う航行を行っており、又は内水において現に通過航行を行っている外国船舶と思料される船舶があり、当該停留等 又は当該通過航行について、前条第一項 若しくは第二項の規定による通報がされておらず、又は その通報の内容に虚偽の事実が含まれている疑いがあると認められる場合において、周囲の事情から合理的に判断して、当該船舶の船長等が第四条の規定に違反している疑いがあると認められ、 かつ、この法律の目的を達成するため、当該船舶が当該停留等を伴う航行 又は当該通過航行を行っている理由を確かめる必要があると認めるときは、海上保安官に、当該船舶に立ち入り、書類 その他の物件を検査させ、又は当該船舶の乗組員 その他の関係者に質問させることができる。
前項の規定による立入検査をする海上保安官は、制服を着用し、又は その身分を示す証明書を携帯し、かつ、関係者の請求があるときは、これを提示しなければならない。
第一項の規定による立入検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。