指定認定機関は、毎事業年度、厚生労働省令・農林水産省令で定めるところにより、事業計画 及び収支予算を作成し、当該事業年度の開始前に（指定を受けた日の属する事業年度にあっては、その指定を受けた後遅滞なく）、厚生労働大臣 及び農林水産大臣の認可を受けなければならない。
これを変更しようとするときも、同様とする。
指定認定機関は、毎事業年度、厚生労働省令・農林水産省令で定めるところにより、事業報告書 及び収支決算書を作成し、当該事業年度の終了後三月以内に厚生労働大臣 及び農林水産大臣に提出しなければならない。