指定認定機関は、高度化計画 及び高度化基盤整備計画の認定の業務に関する規程（以下「認定業務規程」という。）を定め、厚生労働大臣 及び農林水産大臣の認可を受けなければならない。
これを変更しようとするときも、同様とする。
認定業務規程で定めるべき事項は、厚生労働省令・農林水産省令で定める。
厚生労働大臣 及び農林水産大臣は、第一項の認可をしたときは、遅滞なく、当該認可に係る認定業務規程を官報に公示しなければならない。
厚生労働大臣 及び農林水産大臣は、第一項の認可をした認定業務規程が高度化計画 及び高度化基盤整備計画の認定の公正な実施上不適当となったと認めるときは、その認定業務規程を変更すべきことを命ずることができる。