第三条各号に定める公益通報をしたことを理由とする一般職の国家公務員、裁判所職員臨時措置法（昭和二十六年法律第二百九十九号）の適用を受ける裁判所職員、国会職員法（昭和二十二年法律第八十五号）の適用を受ける国会職員、自衛隊法（昭和二十九年法律第百六十五号）第二条第五項に規定する隊員 及び一般職の地方公務員（以下この条において「一般職の国家公務員等」という。）に対する免職 その他不利益な取扱いの禁止については、第三条から第五条までの規定にかかわらず、国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号。裁判所職員臨時措置法において準用する場合を含む。）、国会職員法、自衛隊法 及び地方公務員法（昭和二十五年法律第二百六十一号）の定めるところによる。
この場合において、第二条第一項第一号に定める事業者は、第三条各号に定める公益通報をしたことを理由として一般職の国家公務員等に対して免職 その他不利益な取扱いがされることのないよう、これらの法律の規定を適用しなければならない。