漁港の区域内の水域 又は公共空地において、工作物の建設 若しくは改良（水面 又は土地の占用を伴うものを除く。）、土砂の採取、土地の掘削 若しくは盛土、汚水の放流 若しくは汚物の放棄 又は水面 若しくは土地の一部の占用（公有水面の埋立てによる場合を除く。）をしようとする者は、漁港管理者の許可を受けなければならない。
ただし、特定漁港漁場整備事業計画 若しくは漁港管理規程によつてする行為、第四十四条第一項に規定する認定計画（第四十二条第二項第二号 及び第三号に掲げる事項（水面 又は土地の占用に係るものに限る。）、同条第四項第二号に掲げる事項 又は第五十条第一項各号に掲げる事項が定められたものに限る。）に従つてする行為 又は農林水産省令で定める軽易な行為については、この限りでない。
漁港管理者は、前項の許可の申請に係る行為が特定漁港漁場整備事業の施行 又は漁港の利用を著しく阻害し、その他漁港の保全に著しく支障を与えるものでない限り、同項の許可をしなければならない。
漁港管理者は、第一項の許可に漁港の保全上必要な条件を付することができる。
国の機関 又は地方公共団体（港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）に規定する港務局を含む。）が、第一項の規定により許可を要する行為をしようとする場合には、あらかじめ漁港管理者に協議することをもつて足りる。
何人も、漁港の区域（第二号 及び第三号にあつては、漁港施設の利用、配置 その他の状況により、漁港の保全上特に必要があると認めて漁港管理者が指定した区域に限る。）内において、みだりに次に掲げる行為をしてはならない。
漁港管理者は、前項各号列記以外の部分の規定 又は同項第二号の規定による指定をするときは、農林水産省令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
これを廃止するときも、同様とする。
前項の指定 又はその廃止は、同項の公示によつてその効力を生ずる。
都道府県知事（地方自治法第二百五十二条の十九第一項の指定都市の区域内にあつては、当該指定都市の長。以下この項において同じ。）（港湾法第五十八条第二項の規定に基づき公有水面埋立法（大正十年法律第五十七号）の規定による都道府県知事の職権を行う港湾管理者を含む。）は、漁港の区域内における公有水面の埋立てについて、同法第二条第一項の規定による免許をしようとするときは、漁港管理者の同意を得なければならない。
ただし、次の各号のいずれかに該当するものについては、この限りでない。
前号に掲げるもののほか、漁港施設の整備のためにする埋立て
前二号に掲げるもののほか、第一種漁港、第二種漁港 又は第四種漁港の区域内の埋立てであつて当該漁港の利用を著しく阻害しないもの