漁港管理者は、農林水産省令で定める基準に従い、漁港の区域内の水域（漁港管理者以外の者がその権原に基づき管理する土地に係る水域を除く。）及び公共空地について、第三十九条第一項の規定による採取 若しくは占用の許可を受けた者 又は第四十三条第四項に規定する認定計画実施者（第四十四条第一項に規定する認定計画において第四十二条第二項第二号 及び第三号に掲げる事項（水面 又は土地の占用に係るものに限る。）又は第五十条第一項各号に掲げる事項を定めた者に限る。）から土砂採取料 又は占用料を徴収することができる。
ただし、第三十九条第四項に規定する者については、この限りでない。