地方公共団体が漁港漁場整備事業のうち重要なものとして農林水産省令で定める要件に該当するもの（以下「特定漁港漁場整備事業」という。）を施行しようとする場合（第十九条の三第一項の特定第三種漁港に係る場合を除く。）には、漁港漁場整備基本方針に基づいて特定漁港漁場整備事業計画を定め、遅滞なく、これを農林水産大臣に届け出るとともに、公表しなければならない。
この場合において、地方公共団体は、特定漁港漁場整備事業の効率的な施行を確保する上で必要があると認めるときは、他の地方公共団体と共同して、特定漁港漁場整備事業計画の作成、届出 及び公表をすることができる。
前項の特定漁港漁場整備事業計画においては、当該特定漁港漁場整備事業につき、目的、その施行に係る区域 及び工事に関する事項、事業費に関する事項、効果に関する事項 その他農林水産省令で定める事項を定めるものとする。
地方公共団体は、第一項の規定により特定漁港漁場整備事業計画を定めようとするときは、関係地方公共団体 及び関係漁港管理者と協議しなければならない。
地方公共団体は、第一項の規定により特定漁港漁場整備事業計画を定めようとするときは、あらかじめ、農林水産省令の定めるところにより、その旨を公告し、当該特定漁港漁場整備事業計画の案を、当該公告の日からおおむね二十日間の期間を定めて公衆の縦覧に供しなければならない。
前項の規定による公告があつたときは、当該特定漁港漁場整備事業計画の案に意見がある者は、同項の縦覧期間満了の日までに、当該地方公共団体に対し意見書を提出することができる。
前項の規定による意見書の提出があつたときは、第一項の規定による届出には、当該意見書の写しを添付しなければならない。
農林水産大臣は、第一項の規定による届出があつた特定漁港漁場整備事業計画が漁港漁場整備基本方針に適合していないと認めるときは、当該地方公共団体に対し、これを変更すべきことを求めることができる。
地方公共団体は、前項の規定による求めを受けたときは、遅滞なく、当該特定漁港漁場整備事業計画について、必要な変更を行わなければならない。
農林水産大臣は、第一項の規定による届出があつた特定漁港漁場整備事業計画について第七項の規定による措置をとる必要がないと認めるときは、その旨を当該地方公共団体に通知しなければならない。
地方公共団体は、事情の変更 その他の事由により必要がある場合において、第一項の特定漁港漁場整備事業計画の変更（農林水産省令で定める基準に適合する軽微な変更（以下この章において「軽微な変更」という。）を除く。）をしたときは、遅滞なく、これを農林水産大臣に届け出るとともに、公表しなければならない。
前項の規定による特定漁港漁場整備事業計画の変更（軽微な変更を除く。）については、第三項から第九項までの規定を準用する。
ただし、急速を要する場合には、第三項から第六項までの規定によることを要しない。
地方公共団体は、事情の変更 その他の事由により必要がある場合において、特定漁港漁場整備事業（第十九条の三第一項の特定第三種漁港に係るものを除く。次項 並びに次条第八項 及び第九項において同じ。）の全部 若しくは一部を廃止し、又はその施行を停止したときは、遅滞なく、これを農林水産大臣に届け出るとともに、廃止の場合にあつては廃止した旨、その理由 その他農林水産省令で定める事項を、施行の停止の場合にあつては施行を停止した旨、その理由 その他農林水産省令で定める事項を公表しなければならない。
地方公共団体は、特定漁港漁場整備事業の全部 若しくは一部を廃止し、又はその施行を停止しようとするときは、関係地方公共団体 及び関係漁港管理者と協議しなければならない。
ただし、急速を要する場合には、この限りでない。