地方公共団体が漁港漁場整備事業のうち重要なものとして農林水産省令で定める要件に該当するもの（以下「特定漁港漁場整備事業」という。）を施行しようとする場合（第十九条の三第一項の特定第三種漁港に係る場合を除く。）には、漁港漁場整備基本方針に基づいて特定漁港漁場整備事業計画を定め、遅滞なく、これを農林水産大臣に届け出るとともに、公表しなければならない。
この場合において、地方公共団体は、特定漁港漁場整備事業の効率的な施行を確保する上で必要があると認めるときは、他の地方公共団体と共同して、特定漁港漁場整備事業計画の作成、届出 及び公表をすることができる。
前項の特定漁港漁場整備事業計画においては、当該特定漁港漁場整備事業につき、目的、その施行に係る区域 及び工事に関する事項、事業費に関する事項、効果に関する事項 その他農林水産省令で定める事項を定めるものとする。
地方公共団体は、第一項の規定により特定漁港漁場整備事業計画を定めようとするときは、関係地方公共団体 及び関係漁港管理者と協議しなければならない。
地方公共団体は、第一項の規定により特定漁港漁場整備事業計画を定めようとするときは、あらかじめ、農林水産省令の定めるところにより、その旨を公告し、当該特定漁港漁場整備事業計画の案を、当該公告の日からおおむね二十日間の期間を定めて公衆の縦覧に供しなければならない。
前項の規定による公告があつたときは、当該特定漁港漁場整備事業計画の案に意見がある者は、同項の縦覧期間満了の日までに、当該地方公共団体に対し意見書を提出することができる。
前項の規定による意見書の提出があつたときは、第一項の規定による届出には、当該意見書の写しを添付しなければならない。
農林水産大臣は、第一項の規定による届出があつた特定漁港漁場整備事業計画が漁港漁場整備基本方針に適合していないと認めるときは、当該地方公共団体に対し、これを変更すべきことを求めることができる。
地方公共団体は、前項の規定による求めを受けたときは、遅滞なく、当該特定漁港漁場整備事業計画について、必要な変更を行わなければならない。
農林水産大臣は、第一項の規定による届出があつた特定漁港漁場整備事業計画について第七項の規定による措置をとる必要がないと認めるときは、その旨を当該地方公共団体に通知しなければならない。
地方公共団体は、事情の変更 その他の事由により必要がある場合において、第一項の特定漁港漁場整備事業計画の変更（農林水産省令で定める基準に適合する軽微な変更（以下この章において「軽微な変更」という。）を除く。）をしたときは、遅滞なく、これを農林水産大臣に届け出るとともに、公表しなければならない。
前項の規定による特定漁港漁場整備事業計画の変更（軽微な変更を除く。）については、第三項から第九項までの規定を準用する。
ただし、急速を要する場合には、第三項から第六項までの規定によることを要しない。
地方公共団体は、事情の変更 その他の事由により必要がある場合において、特定漁港漁場整備事業（第十九条の三第一項の特定第三種漁港に係るものを除く。次項 並びに次条第八項 及び第九項において同じ。）の全部 若しくは一部を廃止し、又はその施行を停止したときは、遅滞なく、これを農林水産大臣に届け出るとともに、廃止の場合にあつては廃止した旨、その理由 その他農林水産省令で定める事項を、施行の停止の場合にあつては施行を停止した旨、その理由 その他農林水産省令で定める事項を公表しなければならない。
地方公共団体は、特定漁港漁場整備事業の全部 若しくは一部を廃止し、又はその施行を停止しようとするときは、関係地方公共団体 及び関係漁港管理者と協議しなければならない。
ただし、急速を要する場合には、この限りでない。
水産業協同組合が特定漁港漁場整備事業を施行しようとする場合（第十九条の三第一項の特定第三種漁港に係る場合を除く。）には、漁港漁場整備基本方針に基づいて特定漁港漁場整備事業計画を定めた上、農林水産大臣の許可を受けなければならない。
水産業協同組合は、前項の規定による許可を受けたときは、遅滞なく、当該許可に係る特定漁港漁場整備事業計画を公表しなければならない。
第一項の規定による特定漁港漁場整備事業計画の作成については、前条第二項から第六項までの規定を準用する。
この場合において、
同条第五項中
「当該地方公共団体」とあるのは
「当該水産業協同組合」と、
同条第六項中
「第一項の規定による届出には」とあるのは
「第十八条第一項の規定による許可の申請をするには」と
それぞれ読み替えるものとする。
水産業協同組合は、事情の変更 その他の事由により必要があるときは、農林水産大臣の許可を受けて、第一項の特定漁港漁場整備事業計画の変更をすることができる。
ただし、軽微な変更については、許可を受けないですることができる。
水産業協同組合は、前項本文の規定により特定漁港漁場整備事業計画の変更をしたときは、遅滞なく、これを公表しなければならない。
第四項の規定による特定漁港漁場整備事業計画の変更（軽微な変更を除く。）については、前条第三項から第六項までの規定を準用する。
ただし、急速を要する場合には、これらの規定によることを要しない。
前項の場合において、
前条第五項中
「当該地方公共団体」とあるのは
「当該水産業協同組合」と、
同条第六項中
「第一項の規定による届出には」とあるのは
「第十八条第四項の規定による許可の申請をするには」と
それぞれ読み替えるものとする。
水産業協同組合は、事情の変更 その他の事由により必要があるときは、農林水産大臣の許可を受けて、特定漁港漁場整備事業の全部 若しくは一部を廃止し、又はその施行を停止することができる。
この場合には、前条第十三項の規定を準用する。
水産業協同組合は、前項の規定により特定漁港漁場整備事業の全部 若しくは一部を廃止し、又はその施行を停止したときは、遅滞なく、廃止の場合にあつては廃止した旨、その理由 その他農林水産省令で定める事項を、施行の停止の場合にあつては施行を停止した旨、その理由 その他農林水産省令で定める事項を公表しなければならない。
農林水産大臣は、第一項、第四項 又は第八項の規定による許可をするについては、あらかじめ水産政策審議会の議を経て定めた基準によらなければならない。
国が特定漁港漁場整備事業を施行しようとする場合には、農林水産大臣は、漁港漁場整備基本方針に基づいて特定漁港漁場整備事業計画を定め、遅滞なく、これを公表しなければならない。
農林水産大臣は、前項の規定により特定漁港漁場整備事業計画（第四条第一項第二号に掲げる事業に係るものに限る。）を定めようとするときは、関係広域漁業調整委員会の意見を聴かなければならない。
第一項の規定による特定漁港漁場整備事業計画の作成については、第十七条第二項から第五項までの規定を準用する。
この場合において、
同条第五項中
「当該地方公共団体」とあるのは、
「農林水産大臣」と
読み替えるものとする。
農林水産大臣は、事情の変更 その他の事由により必要がある場合において、第一項の特定漁港漁場整備事業計画の変更（軽微な変更を除く。）をしたときは、遅滞なく、これを公表しなければならない。
前項の規定による特定漁港漁場整備事業計画の変更（軽微な変更を除く。）については、第二項 及び第十七条第三項から第五項までの規定を準用する。
ただし、急速を要する場合には、これらの規定によることを要しない。
前項の場合において、
第十七条第五項中
「当該地方公共団体」とあるのは、
「農林水産大臣」と
読み替えるものとする。
農林水産大臣は、事情の変更 その他の事由により必要がある場合において、特定漁港漁場整備事業の全部 若しくは一部を廃止し、又はその施行を停止したときは、遅滞なく、廃止の場合にあつては廃止した旨、その理由 その他農林水産省令で定める事項を、施行の停止の場合にあつては施行を停止した旨、その理由 その他農林水産省令で定める事項を公表しなければならない。
前項の規定による特定漁港漁場整備事業の廃止 又はその施行の停止については、第二項 及び第十七条第十三項の規定を準用する。
地方公共団体 又は国は、第十七条第一項 又は前条第一項の規定により特定漁港漁場整備事業を施行しようとする場合において、特定漁港漁場整備事業計画を定めるために必要があるときは、五日前にその所有者 又は占有者に通知して、他人の土地 又は水面に立ち入り、測量 又は検査をすることができる。
前項の規定による立入りをする者は、その身分を示す証票を携帯しなければならない。
第一項の場合には、地方公共団体 又は国は、遅滞なく、同項の立入り、測量 又は検査により現に生じた損害を補償しなければならない。
前三項の規定は、第十七条第十項 又は前条第四項の規定による特定漁港漁場整備事業計画の変更をしようとする場合について準用する。
特定第三種漁港（第三種漁港のうち水産業の振興上特に重要な漁港で政令で定めるものをいう。以下同じ。）については、国以外の者が行う特定漁港漁場整備事業についても、その特定漁港漁場整備事業計画は、農林水産大臣が漁港漁場整備基本方針に基づいてこれを定める。
農林水産大臣は、前項の規定により特定漁港漁場整備事業計画を定めたときは、遅滞なく、これを公表しなければならない。
第一項の規定による特定漁港漁場整備事業計画の作成については、第十七条第二項から第五項まで 及び前条第一項から第三項までの規定を準用する。
この場合において、
第十七条第三項中
「関係地方公共団体」とあるのは
「当該特定漁港漁場整備事業の施行者たるべき者、関係地方公共団体」と、
同条第五項中
「当該地方公共団体」とあるのは
「農林水産大臣」と
それぞれ読み替えるものとする。
水産業協同組合が第一項の特定漁港漁場整備事業計画に基づいて特定漁港漁場整備事業を施行しようとする場合には、農林水産大臣の許可を受けなければならない。
農林水産大臣は、事情の変更 その他の事由により必要がある場合において、第一項の特定漁港漁場整備事業計画の変更（軽微な変更を除く。）をしたときは、遅滞なく、これを公表しなければならない。
前項の規定による特定漁港漁場整備事業計画の変更（軽微な変更を除く。）については、第十七条第三項から第五項まで 及び前条第四項の規定を準用する。
ただし、急速を要する場合には、第十七条第三項から第五項までの規定によることを要しない。
前項の場合において、
第十七条第三項中
「関係地方公共団体」とあるのは
「当該特定漁港漁場整備事業の施行者たるべき者、関係地方公共団体」と、
同条第五項中
「当該地方公共団体」とあるのは
「農林水産大臣」と
それぞれ読み替えるものとする。
農林水産大臣は、事情の変更 その他の事由により必要があるときは、第一項の特定漁港漁場整備事業計画に基づく特定漁港漁場整備事業の施行者に対し、当該特定漁港漁場整備事業の全部 若しくは一部の廃止 又はその施行の停止を求めることができる。
この場合において、当該求めを受けた者は、遅滞なく、当該特定漁港漁場整備事業の全部 若しくは一部の廃止 又はその施行の停止をしなければならない。
農林水産大臣は、前項の規定による要求をしようとするときは、当該特定漁港漁場整備事業の施行者、関係地方公共団体 及び関係漁港管理者と協議しなければならない。
ただし、急速を要する場合には、この限りでない。
農林水産大臣は、第八項の規定による要求をしたときは、遅滞なく、廃止の要求の場合にあつては廃止の要求をした旨、その理由 その他農林水産省令で定める事項を、施行の停止の要求の場合にあつては施行の停止の要求をした旨、その理由 その他農林水産省令で定める事項を公表しなければならない。
国が特定漁港漁場整備事業のうち第四条第一項第一号に掲げる事業を施行する場合には、国は、政令で定める基準に従い、その費用の一部を当該漁港の漁港管理者の同意を得て、これに負担させることができる。
国が特定漁港漁場整備事業のうち第四条第一項第二号に掲げる事業を施行する場合には、国は、政令で定める基準に従い、その費用の一部を当該事業により著しく利益を受ける都道府県の同意を得て、これに負担させることができる。
前項の都道府県が同項の同意をしようとするときは、あらかじめ当該都道府県の議会の議決を経なければならない。
国以外の者が第三種漁港 又は第四種漁港について特定漁港漁場整備事業を施行する場合には、第三条第一号の基本施設の修築に要する費用は、次の表の上欄 及び中欄に定める区分に従い、それぞれその下欄に定める割合を国において負担する。
施行者 | 漁港の種類 | 国の負担割合 |
地方公共団体 | 第三種漁港 | 北海道にあつては百分の七十（係留施設については、百分の六十）、その他の地域にあつては百分の五十（特定第三種漁港の外郭施設については、三分の二） |
第四種漁港 | 北海道にあつては百分の七十（係留施設については、三分の二）、その他の地域にあつては三分の二（係留施設については、百分の五十） | |
水産業協同組合 | 第三種漁港 | 北海道にあつては百分の九十（係留施設については、百分の七十五）、その他の地域にあつては、特定第三種漁港については百分の七十（係留施設については、百分の六十）、その他の第三種漁港については百分の六十（係留施設については、百分の五十） |
第四種漁港 | 北海道にあつては百分の九十（係留施設については、百分の八十）、その他の地域にあつては百分の七十五（係留施設については、百分の六十） |
地方公共団体 又は水産業協同組合が第一種漁港 又は第二種漁港について特定漁港漁場整備事業を施行する場合には、第三条第一号の基本施設の修築に要する費用は、次の表の上欄に定める区分に従い、それぞれその下欄に定める割合をもつて、国は、当該特定漁港漁場整備事業の施行者に補助する。
施行者 | 国の補助割合 |
地方公共団体 | 北海道にあつては百分の七十（係留施設については、百分の六十）、その他の地域にあつては百分の五十 |
水産業協同組合 | 北海道にあつては百分の九十（係留施設については、百分の七十五）、その他の地域にあつては百分の五十 |
国以外の者が特定漁港漁場整備事業を施行する場合において、特に必要があると認めるときは、国は、前二項に規定するもののほか、政令で定める基準に従い、予算の範囲内で当該特定漁港漁場整備事業に要する費用の一部を当該特定漁港漁場整備事業の施行者に補助することができる。
第四項 又は第五項の規定により国が負担し、又は補助することとなる金額は、国会の議決を経た予算の金額を超えない範囲内とする。
前条第二項の規定により都道府県の負担する費用のうち、その事業が当該都道府県の区域内の市町村に著しく利益を与えるものについては、当該事業による受益の限度において、当該市町村に対し、当該事業に要する費用の一部を負担させることができる。
前項の規定により市町村が負担すべき金額は、当該市町村の同意を得るとともに、当該都道府県の議会の議決を経て定めなければならない。
特定漁港漁場整備事業の施行者は、特定漁港漁場整備事業の施行を委託することができる。
この場合において、特定漁港漁場整備事業の施行者が水産業協同組合であるときは、あらかじめ農林水産大臣の許可を受けなければならない。
第一項の認可 及び前項後段の許可をするについては、第十八条第十項の規定を準用する。
特定漁港漁場整備事業の施行者は、特定漁港漁場整備事業の施行のために必要がある場合には、五日前にその所有者 又は占有者に通知して、他人の土地 若しくは水面に立ち入り、又はこれらを一時材料置場として使用することができる。
この場合において、水産業協同組合の施行に係るときには、立ち入り、若しくは使用すべき土地 若しくは水面の区域 又は使用の期間を定めて、あらかじめ、農林水産大臣の許可を受けなければならない。
前項の規定による立入りをする者は、その身分を示す証票を携帯しなければならない。
第一項の場合には、特定漁港漁場整備事業の施行者は、遅滞なく、同項の立入り若しくは使用により現に生じた損害を補償し、又は相当の使用料を支払わなければならない。
農林水産大臣は、政令で定めるところにより、前項の土地 又は工作物で漁港施設であるものの管理を漁港管理者に委託することができる。
農林水産大臣が第一項の土地 又は工作物を漁港管理者に譲渡する場合の譲渡の対価は、漁港管理者が負担した費用の額に相当する価額の範囲内で無償とする。