都道府県知事は、一類感染症、二類感染症 又は新型インフルエンザ等感染症のまん延を防止するため必要があると認めるときは、第十五条第三項第一号に掲げる者に対し同号に定める検体を提出し、若しくは当該職員による当該検体の採取に応じるべきことを勧告し、又はその保護者に対し当該検体を提出し、若しくは同号に掲げる者に当該職員による当該検体の採取に応じさせるべきことを勧告することができる。
ただし、都道府県知事がその行おうとする勧告に係る当該検体（その行おうとする勧告に係る当該検体から分離された同号に規定する感染症の病原体を含む。以下この項において同じ。）を所持している者からその行おうとする勧告に係る当該検体を入手することができると認められる場合においては、この限りでない。
厚生労働大臣は、一類感染症、二類感染症 又は新型インフルエンザ等 感染症のまん延を防止するため緊急の必要があると認めるときは、第十五条第三項第一号に掲げる者に対し同号に定める検体を提出し、若しくは当該職員による当該検体の採取に応じるべきことを勧告し、又はその保護者に対し当該検体を提出し、若しくは同号に掲げる者に当該職員による当該検体の採取に応じさせるべきことを勧告することができる。
ただし、厚生労働大臣がその行おうとする勧告に係る当該検体（その行おうとする勧告に係る当該検体から分離された同号に規定する感染症の病原体を含む。以下この項において同じ。）を所持している者からその行おうとする勧告に係る当該検体を入手することができると認められる場合においては、この限りでない。
都道府県知事は、第一項の規定による勧告を受けた者が当該勧告に従わないときは、当該職員に当該勧告に係る第十五条第三項第一号に掲げる者から検査のため必要な最小限度において、同号に定める検体を採取させることができる。
厚生労働大臣は、第二項の規定による勧告を受けた者が当該勧告に従わないときは、当該職員に当該勧告に係る第十五条第三項第一号に掲げる者から検査のため必要な最小限度において、同号に定める検体を採取させることができる。
都道府県知事は、第一項の規定による検体の提出 若しくは採取の勧告をし、又は第三項の規定による検体の採取の措置を実施する場合には、同時に、当該勧告を受け、又は当該措置を実施される者に対し、当該勧告をし、又は当該措置を実施する理由 その他の厚生労働省令で定める事項を書面により通知しなければならない。
ただし、当該事項を書面により通知しないで検体の提出 若しくは採取の勧告をし、又は検体の採取の措置を実施すべき差し迫った必要がある場合は、この限りでない。
都道府県知事は、前項ただし書の場合においては、当該検体の提出 若しくは採取の勧告 又は検体の採取の措置の後相当の期間内に、当該勧告を受け、又は当該措置を実施された者に対し、同項の理由 その他の厚生労働省令で定める事項を記載した書面を交付しなければならない。
都道府県知事は、厚生労働省令で定めるところにより、第一項の規定により提出を受け、若しくは当該職員が採取した検体 又は第三項の規定により当該職員に採取させた検体について検査を実施しなければならない。
都道府県知事は、厚生労働省令で定めるところにより、前項の検査の結果 その他厚生労働省令で定める事項を厚生労働大臣に報告しなければならない。
厚生労働大臣は、自ら検査を実施する必要があると認めるときは、都道府県知事に対し、第一項の規定により提出を受け、若しくは当該職員が採取した検体又は第三項の規定により当該職員に採取させた検体の一部の提出を求めることができる。
都道府県知事は、第一項の規定により検体の提出 若しくは採取の勧告をし、第三項の規定により当該職員に検体の採取の措置を実施させ、又は第七項の規定により検体の検査を実施するため特に必要があると認めるときは、他の都道府県知事 又は厚生労働大臣に対し、感染症試験研究等機関の職員の派遣 その他の必要な協力を求めることができる。
第五項 及び第六項の規定は、厚生労働大臣が第二項の規定により検体の提出 若しくは採取の勧告をし、又は第四項の規定により当該職員に検体の採取の措置を実施させる場合について準用する。
都道府県知事は、一類感染症、二類感染症、三類感染症又は新型インフルエンザ等感染症のまん延を防止するため必要があると認めるときは、当該感染症にかかっていると疑うに足りる正当な理由のある者に対し当該感染症にかかっているかどうかに関する医師の健康診断を受け、又はその保護者に対し当該感染症にかかっていると疑うに足りる正当な理由のある者に健康診断を受けさせるべきことを勧告することができる。
都道府県知事は、前項の規定による勧告を受けた者が当該勧告に従わないときは、当該勧告に係る感染症にかかっていると疑うに足りる正当な理由のある者について、当該職員に健康診断を行わせることができる。
都道府県知事は、一類感染症の患者 及び二類感染症、三類感染症 又は新型インフルエンザ等 感染症の患者 又は無症状病原体保有者に係る第十二条第一項の規定による届出を受けた場合において、当該感染症のまん延を防止するため必要があると認めるときは、当該者 又はその保護者に対し、当該届出の内容 その他の厚生労働省令で定める事項を書面により通知することができる。
前項に規定する患者 及び無症状病原体保有者は、当該者 又はその保護者が同項の規定による通知を受けた場合には、感染症を公衆にまん延させるおそれがある業務として感染症ごとに厚生労働省令で定める業務に、そのおそれがなくなるまでの期間として感染症ごとに厚生労働省令で定める期間従事してはならない。
前項の規定の適用を受けている者 又はその保護者は、都道府県知事に対し、同項の規定の適用を受けている者について、同項の対象者ではなくなったことの確認を求めることができる。
都道府県知事は、前項の規定による確認の求めがあったときは、当該請求に係る第二項の規定の適用を受けている者について、同項の規定の適用に係る感染症の患者若しくは無症状病原体保有者でないかどうか、又は同項に規定する期間を経過しているかどうかの確認をしなければならない。
都道府県知事は、第一項の規定による通知をしようとするときは、あらかじめ、当該患者 又は無症状病原体保有者の居住地を管轄する保健所について置かれた第二十四条第一項に規定する感染症診査協議会の意見を聴かなければならない。
ただし、緊急を要する場合で、あらかじめ、当該感染症診査協議会の意見を聴くいとまがないときは、この限りでない。
前項ただし書に規定する場合において、都道府県知事は、速やかに、その通知をした内容について当該感染症診査協議会に報告しなければならない。
都道府県知事は、一類感染症のまん延を防止するため必要があると認めるときは、当該感染症の患者に対し特定感染症指定医療機関 若しくは第一種感染症指定医療機関に入院し、又はその保護者に対し当該患者を入院させるべきことを勧告することができる。
ただし、緊急 その他やむを得ない理由があるときは、特定感染症指定医療機関 若しくは第一種感染症指定医療機関以外の病院 若しくは診療所であって当該都道府県知事が適当と認めるものに入院し、又は当該患者を入院させるべきことを勧告することができる。
都道府県知事は、前項の規定による勧告をする場合には、当該勧告に係る患者 又はその保護者に対し適切な説明を行い、その理解を得るよう努めなければならない。
都道府県知事は、第一項の規定による勧告を受けた者が当該勧告に従わないときは、当該勧告に係る患者を特定感染症指定医療機関 又は第一種感染症指定医療機関（同項ただし書の規定による勧告に従わないときは、特定感染症指定医療機関 若しくは第一種感染症指定医療機関以外の病院 又は診療所であって当該都道府県知事が適当と認めるもの）に入院させることができる。
第一項 及び前項の規定に係る入院の期間は、七十二時間を超えてはならない。
都道府県知事は、緊急 その他やむを得ない理由があるときは、第一項 又は第三項の規定により入院している患者を、当該患者が入院している病院 又は診療所以外の病院 又は診療所であって当該都道府県知事が適当と認めるものに入院させることができる。
第一項 又は第三項の規定に係る入院の期間と前項の規定に係る入院の期間とを合算した期間は、七十二時間を超えてはならない。
都道府県知事は、第一項の規定による勧告 又は第三項の規定による入院の措置をしたときは、遅滞なく、当該患者が入院している病院 又は診療所の所在地を管轄する保健所について置かれた第二十四条第一項に規定する感染症診査協議会に報告しなければならない。
都道府県知事は、一類感染症のまん延を防止するため必要があると認めるときは、当該感染症の患者であって前条の規定により入院しているものに対し十日以内の期間を定めて特定感染症指定医療機関 若しくは第一種感染症指定医療機関に入院し、又はその保護者に対し当該入院に係る患者を入院させるべきことを勧告することができる。
ただし、緊急 その他やむを得ない理由があるときは、十日以内の期間を定めて、特定感染症指定医療機関 若しくは第一種感染症指定医療機関以外の病院 若しくは診療所であって当該都道府県知事が適当と認めるものに入院し、又は当該患者を入院させるべきことを勧告することができる。
都道府県知事は、前項の規定による勧告を受けた者が当該勧告に従わないときは、十日以内の期間を定めて、当該勧告に係る患者を特定感染症指定医療機関 又は第一種感染症指定医療機関（同項ただし書の規定による勧告に従わないときは、特定感染症指定医療機関 若しくは第一種感染症指定医療機関以外の病院 又は診療所であって当該都道府県知事が適当と認めるもの）に入院させることができる。
都道府県知事は、緊急 その他やむを得ない理由があるときは、前二項の規定により入院している患者を、前二項の規定により入院したときから起算して十日以内の期間を定めて、当該患者が入院している病院 又は診療所以外の病院 又は診療所であって当該都道府県知事が適当と認めるものに入院させることができる。
都道府県知事は、前三項の規定に係る入院の期間の経過後、当該入院に係る患者について入院を継続する必要があると認めるときは、十日以内の期間を定めて、入院の期間を延長することができる。
当該延長に係る入院の期間の経過後、これを更に延長しようとするときも、同様とする。
都道府県知事は、第一項の規定による勧告 又は前項の規定による入院の期間を延長しようとするときは、あらかじめ、当該患者が入院している病院 又は診療所の所在地を管轄する保健所について置かれた第二十四条第一項に規定する感染症診査協議会の意見を聴かなければならない。
都道府県知事は、第一項の規定による勧告をしようとする場合には、当該患者 又はその保護者に、適切な説明を行い、その理解を得るよう努めるとともに、都道府県知事が指定する職員に対して意見を述べる機会を与えなければならない。
この場合においては、当該患者 又はその保護者に対し、あらかじめ、意見を述べるべき日時、場所 及びその勧告の原因となる事実を通知しなければならない。
前項の規定による通知を受けた当該患者 又はその保護者は、代理人を出頭させ、かつ、自己に有利な証拠を提出することができる。
第六項の規定による意見を聴取した者は、聴取書を作成し、これを都道府県知事に提出しなければならない。
都道府県知事は、厚生労働省令で定めるところにより、前二条の規定により入院する患者を、当該入院に係る病院 又は診療所に移送しなければならない。
都道府県知事は、第十九条 又は第二十条の規定により入院している患者について、当該入院に係る一類感染症の病原体を保有していないことが確認されたときは、当該入院している患者を退院させなければならない。
病院 又は診療所の管理者は、第十九条 又は第二十条の規定により入院している患者について、当該入院に係る一類感染症の病原体を保有していないことを確認したときは、都道府県知事に、その旨を通知しなければならない。
第十九条 若しくは第二十条の規定により入院している患者 又はその保護者は、都道府県知事に対し、当該患者の退院を求めることができる。
都道府県知事は、前項の規定による退院の求めがあったときは、当該患者について、当該入院に係る一類感染症の病原体を保有しているかどうかの確認をしなければならない。
第十六条の三から第二十一条までの規定により実施される措置は、感染症を公衆にまん延させるおそれ、感染症にかかった場合の病状の程度 その他の事情に照らして、感染症の発生を予防し、又はそのまん延を防止するため必要な最小限度のものでなければならない。
第十六条の三第五項 及び第六項の規定は、都道府県知事が第十七条第一項の規定による健康診断の勧告、同条第二項の規定による健康診断の措置、第十九条第一項 及び第二十条第一項の規定による入院の勧告、第十九条第三項 及び第五項並びに第二十条第二項 及び第三項の規定による入院の措置並びに同条第四項の規定による入院の期間の延長をする場合について準用する。
各保健所に感染症の診査に関する協議会（以下この条において「感染症診査協議会」という。）を置く。
前項の規定にかかわらず、二以上の保健所を設置する都道府県において、特に必要があると認めるときは、二以上の保健所について一の感染症診査協議会を置くことができる。
都道府県知事の諮問に応じ、第十八条第一項の規定による通知、第二十条第一項（第二十六条において準用する場合を含む。）の規定による勧告 及び第二十条第四項（第二十六条において準用する場合を含む。）の規定による入院の期間の延長 並びに第三十七条の二第一項の規定による申請に基づく費用の負担に関し必要な事項を審議すること。
第十八条第六項及び第十九条第七項（第二十六条において準用する場合を含む。）の規定による報告に関し、意見を述べること。
感染症診査協議会は、委員三人以上で組織する。
委員は、感染症指定医療機関の医師、感染症の患者の医療に関し学識経験を有する者（感染症指定医療機関の医師を除く。）、法律に関し学識経験を有する者 並びに医療 及び法律以外の学識経験を有する者のうちから、都道府県知事が任命する。
ただし、その過半数は、医師のうちから任命しなければならない。
第十九条 若しくは第二十条の規定により入院している患者又はその保護者は、当該患者が受けた処遇について、文書 又は口頭により、都道府県知事に対し、苦情の申出をすることができる。
前項に規定する患者 又はその保護者が口頭で同項の苦情の申出をしようとするときは、都道府県知事は、その指定する職員にその内容を聴取させることができる。
都道府県知事は、苦情の申出を受けたときは、これを誠実に処理し、処理の結果を苦情の申出をした者に通知しなければならない。
第二十条第二項 若しくは第三項の規定により入院している患者であって当該入院の期間が三十日を超えるもの 又はその保護者は、同条第二項 又は第三項に規定する入院の措置について文書 又は口頭により、厚生労働大臣に審査請求（再審査請求 及び再々審査請求を含む。以下この条において同じ。）をすることができる。
厚生労働大臣は、前項の審査請求があったときは、当該審査請求があった日から起算して五日以内に、当該審査請求に対する裁決をしなければならない。
第二十条第二項 若しくは第三項の規定により入院している患者であって当該入院の期間が三十日を超えないもの又はその保護者が、厚生労働大臣に審査請求をしたときは、厚生労働大臣は、当該審査請求に係る入院している患者が同条第二項 又は第三項の規定により入院した日から起算して三十五日以内に、当該審査請求に対する裁決をしなければならない。
第二十条第二項 若しくは第三項の規定により入院している患者であって当該入院の期間が三十日を超えないもの 又はその保護者が、都道府県知事に審査請求をし、かつ、当該入院している患者の入院の期間が三十日を超えたときは、都道府県知事は、直ちに、事件を厚生労働大臣に移送し、かつ、その旨を審査請求人に通知しなければならない。
前項の規定により事件が移送されたときは、はじめから、厚生労働大臣に審査請求があったものとみなして、第三項の規定を適用する。
厚生労働大臣は、第二項の裁決 又は第三項の裁決（入院の期間が三十日を超える患者に係るものに限る。）をしようとするときは、あらかじめ、審議会等（国家行政組織法（昭和二十三年法律第百二十号）第八条に規定する機関をいう。）で政令で定めるものの意見を聴かなければならない。
第十九条第三項 又は第五項の規定による入院の措置に係る審査請求については、行政不服審査法（平成二十六年法律第六十八号）第二章第四節の規定は、適用しない。
第十九条から第二十三条まで、第二十四条の二 及び前条の規定は、二類感染症の患者について準用する。
この場合において、
第十九条第一項 及び第三項 並びに第二十条第一項 及び第二項中
「特定感染症指定医療機関 若しくは第一種感染症指定医療機関」とあるのは
「特定感染症指定医療機関、第一種感染症指定医療機関 若しくは第二種感染症指定医療機関」と、
第十九条第三項 及び第二十条第二項中
「特定感染症指定医療機関 又は第一種感染症指定医療機関」とあるのは
「特定感染症指定医療機関、第一種感染症指定医療機関 又は第二種感染症指定医療機関」と、
第二十一条中
「移送しなければならない」とあるのは
「移送することができる」と、
第二十二条第一項 及び第二項中
「一類感染症の病原体を保有していないこと」とあるのは
「二類感染症の病原体を保有していないこと 又は当該感染症の症状が消失したこと」と、
同条第四項中
「一類感染症の病原体を保有しているかどうか」とあるのは
「二類感染症の病原体を保有しているかどうか 又は当該感染症の症状が消失したかどうか」と
読み替えるほか、これらの規定に関し必要な技術的読替えは、政令で定める。
第十九条から第二十三条まで、第二十四条の二 及び前条の規定は、新型インフルエンザ等感染症の患者について準用する。
この場合において、
第十九条第一項中
「患者に」とあるのは
「患者（新型インフルエンザ等感染症（病状の程度を勘案して厚生労働省令で定めるものに限る。）の患者にあっては、当該感染症の病状 又は当該感染症にかかった場合の病状の程度が重篤化するおそれを勘案して厚生労働省令で定める者 及び当該者以外の者であって第四十四条の三第二項の規定による協力の求めに応じないものに限る。）に」と、
同項 及び同条第三項 並びに第二十条第一項 及び第二項中
「特定感染症指定医療機関 若しくは第一種感染症指定医療機関」とあるのは
「特定感染症指定医療機関、第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関 若しくは第一種協定指定医療機関」と、
第十九条第三項 及び第二十条第二項中
「特定感染症指定医療機関 又は第一種感染症指定医療機関」とあるのは
「特定感染症指定医療機関、第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関 又は第一種協定指定医療機関」と、
第二十一条中
「移送しなければならない」とあるのは
「移送することができる」と
読み替えるほか、これらの規定に関し必要な技術的読替えは、政令で定める。
結核患者に対する前条第一項において読み替えて準用する第十九条 及び第二十条の規定の適用については、
第十九条第七項中
「当該患者が入院している病院 又は診療所の所在地」とあるのは
「当該患者の居住地」と、
第二十条第一項本文中
「十日以内」とあるのは
「三十日以内」と、
同条第四項中
「十日以内」とあるのは
「十日以内（第一項本文の規定に係る入院にあっては、三十日以内）」と、
同条第五項中
「当該患者が入院している病院 又は診療所の所在地」とあるのは
「当該患者の居住地」と
する。