この法律は、環境基本法（平成五年法律第九十一号）の基本理念にのっとり、生物の多様性の保全 及び持続可能な利用について、基本原則を定め、並びに国、地方公共団体、事業者、国民 及び民間の団体の責務を明らかにするとともに、生物多様性国家戦略の策定 その他の生物の多様性の保全 及び持続可能な利用に関する施策の基本となる事項を定めることにより、生物の多様性の保全 及び持続可能な利用に関する施策を総合的かつ計画的に推進し、もって豊かな生物の多様性を保全し、その恵沢を将来にわたって享受できる自然と共生する社会の実現を図り、あわせて地球環境の保全に寄与することを目的とする。
この法律において「生物の多様性」とは、様々な生態系が存在すること 並びに生物の種間 及び種内に様々な差異が存在することをいう。
この法律において「持続可能な利用」とは、現在 及び将来の世代の人間が生物の多様性の恵沢を享受するとともに人類の存続の基盤である生物の多様性が将来にわたって維持されるよう、生物 その他の生物の多様性の構成要素 及び生物の多様性の恵沢の長期的な減少をもたらさない方法（以下「持続可能な方法」という。）により生物の多様性の構成要素を利用することをいう。
生物の多様性の保全は、健全で恵み豊かな自然の維持が生物の多様性の保全に欠くことのできないものであることにかんがみ、野生生物の種の保存等が図られるとともに、多様な自然環境が地域の自然的社会的条件に応じて保全されることを旨として行われなければならない。
生物の多様性の利用は、社会経済活動の変化に伴い生物の多様性が損なわれてきたこと 及び自然資源の利用により国内外の生物の多様性に影響を及ぼすおそれがあることを踏まえ、生物の多様性に及ぼす影響が回避され 又は最小となるよう、国土 及び自然資源を持続可能な方法で利用することを旨として行われなければならない。
生物の多様性の保全 及び持続可能な利用は、生物の多様性が微妙な均衡を保つことによって成り立っており、科学的に解明されていない事象が多いこと 及び一度損なわれた生物の多様性を再生することが困難であることにかんがみ、科学的知見の充実に努めつつ生物の多様性を保全する予防的な取組方法 及び事業等の着手後においても生物の多様性の状況を監視し、その監視の結果に科学的な評価を加え、これを当該事業等に反映させる順応的な取組方法により対応することを旨として行われなければならない。
生物の多様性の保全 及び持続可能な利用は、生物の多様性から長期的かつ継続的に多くの利益がもたらされることにかんがみ、長期的な観点から生態系等の保全 及び再生に努めることを旨として行われなければならない。
生物の多様性の保全 及び持続可能な利用は、地球温暖化が生物の多様性に深刻な影響を及ぼすおそれがあるとともに、生物の多様性の保全 及び持続可能な利用は地球温暖化の防止等に資するとの認識の下に行われなければならない。
国は、前条に定める生物の多様性の保全 及び持続可能な利用についての基本原則（以下「基本原則」という。）にのっとり、生物の多様性の保全 及び持続可能な利用に関する基本的かつ総合的な施策を策定し、及び実施する責務を有する。
地方公共団体は、基本原則にのっとり、生物の多様性の保全 及び持続可能な利用に関し、国の施策に準じた施策及び その他のその地方公共団体の区域の自然的社会的条件に応じた施策を策定し、及び実施する責務を有する。
事業者は、基本原則にのっとり、その事業活動を行うに当たっては、事業活動が生物の多様性に及ぼす影響を把握するとともに、他の事業者 その他の関係者と連携を図りつつ生物の多様性に配慮した事業活動を行うこと等により、生物の多様性に及ぼす影響の低減 及び持続可能な利用に努めるものとする。
国民は、基本原則にのっとり、生物の多様性の重要性を認識するとともに、その日常生活に関し、外来生物を適切に取り扱うこと及び生物の多様性に配慮した物品 又は役務を選択すること等により、生物の多様性に及ぼす 影響の低減及び持続可能な利用に努めるものとする。
国民 及び民間の団体は、基本原則にのっとり、生物の多様性の保全 及び持続可能な利用のための取組を自ら行うとともに、他の者の行う生物の多様性の保全 及び持続可能な利用のための取組に協力するよう努めるものとする。
政府は、生物の多様性の保全 及び持続可能な利用に関する施策を実施するため必要な法制上、財政上 又は税制上の措置 その他の措置を講じなければならない。
生物の多様性の保全 及び持続可能な利用に関する施策を講ずるに当たっては、地球温暖化が生物の多様性に深刻な影響を及ぼすおそれがあること等にかんがみ、地球温暖化の防止、循環型社会の形成 その他の環境の保全に関する施策相互の有機的な連携が図られるよう、必要な配慮がなされるものとする。
政府は、毎年、国会に、生物の多様性の状況 及び政府が生物の多様性の保全 及び持続可能な利用に関して講じた施策に関する報告を提出しなければならない。
政府は、毎年、前項の報告に係る生物の多様性の状況を考慮して講じようとする施策を明らかにした文書を作成し、これを国会に提出しなければならない。